IC ری ایکٹر کا ڈھانچہ ایک بڑی اونچائی قطر کے تناسب سے نمایاں ہوتا ہے، عام طور پر 4 -, 8 تک، اور ری ایکٹر کی اونچائی 20 بائیں میٹر دائیں تک پہنچ جاتی ہے۔پورا ری ایکٹر پہلے انیروبک ری ایکشن چیمبر اور دوسرے انیروبک ری ایکشن چیمبر پر مشتمل ہے۔ایک گیس، ٹھوس اور مائع تھری فیز الگ کرنے والا ہر اینیروبک ری ایکشن چیمبر کے اوپری حصے میں سیٹ کیا جاتا ہے۔پہلا مرحلہ تھری فیز سیپریٹر بنیادی طور پر بائیو گیس اور پانی کو الگ کرتا ہے، دوسرے مرحلے کا تھری فیز سیپریٹر بنیادی طور پر کیچڑ اور پانی کو الگ کرتا ہے، اور انفلوئنٹ اور ریفلوکس سلج کو پہلے انیروبک ری ایکشن چیمبر میں ملایا جاتا ہے۔پہلا رد عمل چیمبر نامیاتی مادے کو ہٹانے کی زبردست صلاحیت رکھتا ہے۔دوسرے انیروبک ری ایکشن چیمبر میں داخل ہونے والے گندے پانی کو گندے پانی میں باقی نامیاتی مادے کو نکالنے اور اخراج کے معیار کو بہتر بنانے کے لیے علاج جاری رکھا جا سکتا ہے۔