IC reaktörünün yapısı, genellikle 4 - 8'e kadar olan büyük bir yükseklik çap oranı ile karakterize edilir ve reaktörün yüksekliği soldan 20 m'ye ulaşır.Reaktörün tamamı bir birinci anaerobik reaksiyon odasından ve bir ikinci anaerobik reaksiyon odasından oluşur.Her anaerobik reaksiyon odasının üstüne bir gaz, katı ve sıvı üç fazlı ayırıcı yerleştirilmiştir.İlk aşama üç fazlı ayırıcı esas olarak biyogaz ve suyu ayırır, ikinci aşama üç fazlı ayırıcı esas olarak çamur ve suyu ayırır ve giriş ve geri akış çamuru birinci anaerobik reaksiyon odasında karıştırılır.İlk reaksiyon odası, organik maddeyi çıkarma konusunda büyük bir yeteneğe sahiptir.İkinci anaerobik reaksiyon odasına giren atık su, atık su içinde kalan organik maddenin uzaklaştırılması ve atık su kalitesinin iyileştirilmesi için arıtılmaya devam edilebilir.