Структуру ИЦ реактора карактерише велики однос пречника висине, углавном до 4 -, 8, а висина реактора достиже 20 м лево десно.Цео реактор се састоји од прве анаеробне реакционе коморе и друге анаеробне реакционе коморе.Трофазни сепаратор гаса, чврсте и течности је постављен на врху сваке анаеробне реакционе коморе.Првостепени трофазни сепаратор углавном одваја биогас и воду, трофазни сепаратор друге фазе углавном одваја муљ и воду, а улазни и рефлуксни муљ се мешају у првој анаеробној реакционој комори.Прва реакциона комора има велику способност уклањања органске материје.Отпадна вода која улази у другу комору за анаеробну реакцију може наставити да се третира како би се уклонила преостала органска материја у отпадној води и побољшао квалитет ефлуента.