Struktura e reaktorit IC karakterizohet nga një raport i madh i diametrit të lartësisë, përgjithësisht deri në 4 -, 8, dhe lartësia e reaktorit arrin 20 m majtas djathtas.I gjithë reaktori përbëhet nga një dhomë e parë e reagimit anaerobik dhe një dhomë e dytë e reaksionit anaerobik.Një ndarës trefazor me gaz, të ngurtë dhe të lëngët është vendosur në krye të çdo dhome reaksioni anaerobik.Ndarësi trefazor i fazës së parë ndan kryesisht biogazin dhe ujin, ndarësi trefazor i fazës së dytë kryesisht ndan llumin dhe ujin, dhe llumi i rrjedhës dhe refluksi përzihen në dhomën e parë të reaksionit anaerobik.Dhoma e parë e reagimit ka aftësi të madhe për të hequr lëndën organike.Ujërat e zeza që hyjnë në dhomën e dytë të reaksionit anaerobik mund të vazhdojnë të trajtohen për të hequr lëndën organike të mbetur në ujërat e zeza dhe për të përmirësuar cilësinë e rrjedhës.