Za strukturo reaktorja IC je značilno veliko razmerje premera višine, običajno do 4 -, 8, višina reaktorja pa doseže 20 levo m desno.Celoten reaktor je sestavljen iz prve anaerobne reakcijske komore in druge anaerobne reakcijske komore.Na vrhu vsake anaerobne reakcijske komore je nameščen trifazni separator za plin, trdno in tekočo snov.Prvostopenjski trifazni separator večinoma ločuje bioplin in vodo, drugi stopenjski trifazni separator večinoma ločuje blato in vodo, dotočno in refluksno blato pa se mešata v prvi anaerobni reakcijski komori.Prva reakcijska komora ima veliko sposobnost odstranjevanja organskih snovi.Odpadna voda, ki vstopa v drugo anaerobno reakcijsko komoro, se lahko še naprej čisti, da se odstranijo preostale organske snovi v odpadni vodi in izboljša kakovost iztoka.