Structura reactorului IC este caracterizată printr-un raport mare de înălțime diametru, în general până la 4 -, 8, iar înălțimea reactorului ajunge la 20 m stânga dreapta.Întregul reactor este compus dintr-o primă cameră de reacție anaerobă și o a doua cameră de reacție anaerobă.În partea superioară a fiecărei camere de reacție anaerobe este setat un separator trifazat de gaz, solid și lichid.Separatorul trifazat din prima etapă separă în principal biogazul și apa, cel de-al doilea separator trifazat separă în principal nămolul și apa, iar nămolul de influenț și de reflux sunt amestecate în prima cameră de reacție anaerobă.Prima cameră de reacție are o mare capacitate de a îndepărta materia organică.Apa uzată care intră în a doua cameră de reacție anaerobă poate continua să fie tratată pentru a îndepărta materia organică rămasă din apa uzată și pentru a îmbunătăți calitatea efluentului.