Konstrukcja reaktora IC charakteryzuje się dużym stosunkiem wysokości do średnicy, na ogół do 4 - 8, a wysokość reaktora sięga 20 m w lewo i w prawo.Cały reaktor składa się z pierwszej komory reakcji beztlenowej i drugiej komory reakcji beztlenowej.Na górze każdej beztlenowej komory reakcyjnej umieszczony jest trójfazowy separator gazu, ciała stałego i cieczy.Separator trójfazowy pierwszego stopnia oddziela głównie biogaz i wodę, separator trójfazowy drugiego stopnia oddziela głównie osad i wodę, a osad dopływowy i refluksowy miesza się w pierwszej beztlenowej komorze reakcyjnej.Pierwsza komora reakcyjna ma dużą zdolność usuwania materii organicznej.Ścieki wpływające do drugiej komory reakcji beztlenowej można w dalszym ciągu oczyszczać w celu usunięcia pozostałości substancji organicznych znajdujących się w ściekach i poprawy jakości ścieków.