Struktur reaktor IC dicirikan oleh nisbah diameter ketinggian yang besar, secara amnya sehingga 4 -, 8, dan ketinggian reaktor mencapai 20 kiri m kanan.Keseluruhan reaktor terdiri daripada ruang tindak balas anaerobik pertama dan ruang tindak balas anaerobik kedua.Pemisah tiga fasa gas, pepejal dan cecair ditetapkan di bahagian atas setiap ruang tindak balas anaerobik.Pemisah tiga fasa peringkat pertama terutamanya memisahkan biogas dan air, pemisah tiga fasa peringkat kedua terutamanya memisahkan enapcemar dan air, dan enapcemar influen dan refluks dicampur dalam ruang tindak balas anaerobik pertama.Ruang tindak balas pertama mempunyai keupayaan besar untuk mengeluarkan bahan organik.Air sisa yang memasuki kebuk tindak balas anaerobik kedua boleh terus dirawat untuk mengeluarkan sisa bahan organik dalam air sisa dan meningkatkan kualiti efluen.