Структурата на IC реакторот се карактеризира со голем сооднос со дијаметар на висина, генерално до 4 -, 8, а висината на реакторот достигнува 20 лево м десно.Целиот реактор е составен од прва комора за анаеробна реакција и втора комора за анаеробна реакција.На врвот на секоја комора за анаеробна реакција е поставен гас, цврст и течен трифазен сепаратор.Трифазниот сепаратор од првата фаза главно го одвојува биогасот и водата, вториот степен трифазен сепаратор главно ги одвојува тињата и водата, а вливот и рефлуксната тиња се мешаат во првата комора за анаеробна реакција.Првата комора за реакција има голема способност да ги отстранува органските материи.Отпадната вода што влегува во втората комора за анаеробна реакција може да продолжи да се третира за да се отстрани преостанатата органска материја во отпадната вода и да се подобри квалитетот на ефлуентот.