IC reaktora uzbūvi raksturo liela augstuma diametra attiecība, parasti līdz 4 -, 8, un reaktora augstums sasniedz 20 kreisi m pa labi.Viss reaktors sastāv no pirmās anaerobās reakcijas kameras un otrās anaerobās reakcijas kameras.Katras anaerobās reakcijas kameras augšpusē ir uzstādīts gāzes, cietā un šķidruma trīsfāzu separators.Pirmās pakāpes trīsfāzu separators galvenokārt atdala biogāzi un ūdeni, otrās pakāpes trīsfāzu separators galvenokārt atdala dūņas un ūdeni, un ieplūstošās un atteces dūņas tiek sajauktas pirmajā anaerobās reakcijas kamerā.Pirmajai reakcijas kamerai ir lieliska spēja atdalīt organiskās vielas.Notekūdeņus, kas nonāk otrajā anaerobās reakcijas kamerā, var turpināt attīrīt, lai atdalītu notekūdeņos atlikušās organiskās vielas un uzlabotu notekūdeņu kvalitāti.