IC reaktoriaus struktūrai būdingas didelis aukščio skersmens santykis, paprastai iki 4 -, 8, o reaktoriaus aukštis siekia 20 kairįjį m į dešinę.Visas reaktorius susideda iš pirmosios anaerobinės reakcijos kameros ir antrosios anaerobinės reakcijos kameros.Kiekvienos anaerobinės reakcijos kameros viršuje yra dujinis, kietas ir skystas trifazis separatorius.Pirmosios pakopos trifazis separatorius daugiausia atskiria biodujas ir vandenį, antrosios pakopos trifazis separatorius daugiausia atskiria dumblą ir vandenį, o įtekantis ir grįžtamasis dumblas sumaišomas pirmoje anaerobinės reakcijos kameroje.Pirmoji reakcijos kamera turi puikią galimybę pašalinti organines medžiagas.Nuotekos, patenkančios į antrąją anaerobinės reakcijos kamerą, gali būti toliau valomos, kad pašalintų nuotekose likusias organines medžiagas ir pagerintų nuotekų kokybę.