La struttura del reattore IC è caratterizzata da un ampio rapporto altezza/diametro, generalmente fino a 4 -, 8, e l'altezza del reattore raggiunge i 20 m da sinistra a destra.L'intero reattore è composto da una prima camera di reazione anaerobica e da una seconda camera di reazione anaerobica.Un separatore trifase gas, solido e liquido è posizionato nella parte superiore di ciascuna camera di reazione anaerobica.Il separatore trifase del primo stadio separa principalmente biogas e acqua, il separatore trifase del secondo stadio separa principalmente i fanghi e l'acqua, mentre i fanghi in entrata e di riflusso vengono miscelati nella prima camera di reazione anaerobica.La prima camera di reazione ha una grande capacità di rimuovere la materia organica.Le acque reflue che entrano nella seconda camera di reazione anaerobica possono continuare a essere trattate per rimuovere la materia organica rimanente nelle acque reflue e migliorare la qualità dell'effluente.