Struktura IC reaktora karakterizirana je velikim omjerom promjera visine, općenito do 4 -, 8, a visina reaktora doseže 20 lijevo m desno.Cijeli reaktor sastoji se od prve anaerobne reakcijske komore i druge anaerobne reakcijske komore.Trofazni separator plina, krutine i tekućine postavljen je na vrhu svake anaerobne reakcijske komore.Prvi stupanj trofaznog separatora uglavnom odvaja bioplin i vodu, drugi stupanj trofaznog separatora uglavnom odvaja mulj i vodu, a ulazni i refluksni mulj se miješaju u prvoj anaerobnoj reakcijskoj komori.Prva reakcijska komora ima veliku sposobnost uklanjanja organske tvari.Otpadna voda koja ulazi u drugu anaerobnu reakcijsku komoru može se nastaviti pročišćavati kako bi se uklonila zaostala organska tvar u otpadnoj vodi i poboljšala kvaliteta efluenta.