IC-reaktorin rakenteelle on tunnusomaista suuri korkeushalkaisijasuhde, yleensä jopa 4 -, 8, ja reaktorin korkeus saavuttaa 20 vasenta metriä oikealle.Koko reaktori koostuu ensimmäisestä anaerobisesta reaktiokammiosta ja toisesta anaerobisesta reaktiokammiosta.Jokaisen anaerobisen reaktiokammion yläosaan on asetettu kaasu-, kiintoaine- ja neste-kolmifaasierotin.Ensimmäisen vaiheen kolmivaiheinen erotin erottelee pääasiassa biokaasua ja vettä, toisen vaiheen kolmivaiheerotin pääasiassa lietteen ja veden, ja tulo- ja palautusliete sekoitetaan ensimmäisessä anaerobisessa reaktiokammiossa.Ensimmäisellä reaktiokammiolla on suuri kyky poistaa orgaanista ainetta.Toiseen anaerobiseen reaktiokammioon tulevan jäteveden käsittelyä voidaan jatkaa jätevedessä olevan orgaanisen aineksen poistamiseksi ja jäteveden laadun parantamiseksi.