Η δομή του αντιδραστήρα IC χαρακτηρίζεται από μια μεγάλη αναλογία διαμέτρου ύψους, γενικά μέχρι 4 -, 8, και το ύψος του αντιδραστήρα φτάνει τα 20 αριστερά m δεξιά.Ολόκληρος ο αντιδραστήρας αποτελείται από έναν πρώτο θάλαμο αναερόβιας αντίδρασης και έναν δεύτερο θάλαμο αναερόβιας αντίδρασης.Ένας τριφασικός διαχωριστής αερίου, στερεού και υγρού τοποθετείται στην κορυφή κάθε θαλάμου αναερόβιας αντίδρασης.Ο τριφασικός διαχωριστής πρώτου σταδίου διαχωρίζει κυρίως το βιοαέριο και το νερό, ο δεύτερος σταδιακός διαχωριστής τριών φάσεων διαχωρίζει κυρίως τη λάσπη και το νερό και η εισροή και η ιλύς αναρροής αναμιγνύονται στον πρώτο θάλαμο αναερόβιας αντίδρασης.Ο πρώτος θάλαμος αντίδρασης έχει μεγάλη ικανότητα να απομακρύνει την οργανική ύλη.Τα λύματα που εισέρχονται στον δεύτερο θάλαμο αναερόβιας αντίδρασης μπορούν να συνεχίσουν να υποβάλλονται σε επεξεργασία για την απομάκρυνση της εναπομείνασας οργανικής ύλης στα λύματα και τη βελτίωση της ποιότητας των εκροών.