Strukturu IC reaktora karakteriše veliki odnos prečnika visine, uglavnom do 4 -, 8, a visina reaktora dostiže 20 m levo desno.Cijeli reaktor se sastoji od prve anaerobne reakcione komore i druge komore za anaerobnu reakciju.Na vrhu svake anaerobne reakcione komore postavljen je trofazni separator gasa, čvrste i tečnosti.Prvostepeni trofazni separator uglavnom odvaja bioplin i vodu, trofazni separator druge faze uglavnom odvaja mulj i vodu, a ulazni i refluksni mulj se miješaju u prvoj anaerobnoj reakcijskoj komori.Prva reakciona komora ima veliku sposobnost uklanjanja organskih materija.Otpadna voda koja ulazi u drugu komoru za anaerobnu reakciju može se nastaviti tretirati kako bi se uklonila preostala organska tvar u otpadnoj vodi i poboljšao kvalitet efluenta.